行政院陸續改組，科技會報是第一梯次改組的機構，但至今開張逾半年，只有一些小露面，未明顯看到具體功能和改組意義。科技發展是台灣的命脈，科技會報辦公室是行政院長的科技總合幕僚，必須因應各界的期待，儘速拿出作為。
最受注意的聲音，還是來自中研院幾位學界人士的看法。最近仍有院士陸續在院內會議中指出，「國科會轉型為科技部，但是卻不再能主導科技政策，和科技會報像是多頭馬車。科技部長是否能在科技會報中扮演較關鍵角色，否則決策者和執行者不同，會造成很多麻煩。」
「應讓科技部長擔任科技會報共同召集人，要不然，科技部長有執行科技政策，到立法院備詢的責任，卻沒有相對的權力。」「由於科技事務涉及上游研發，中游加值和下游應用之串連整合，科技會報並無夠的人力編制與經驗，擔當科技計畫審議之重責，因此宜由科技部長與科技政委共同擔任科技會報之副召集人，並由科技部擔任科技會報之主委幕僚，協助行政院長統籌審議跨部會之科技計畫及相關預算」等等。
簡單而言，這些聲音就是希望科技部長能與科技政委共同擔任科技會報副召集人，協助召集人，行政院長，處理科技事務。
而據指出，行政院早獲悉若干院士的看法，但是未予考慮。有官員指出，當初，一些研究院院士，以及當時主管科技顧問組，現為國科會主委的朱敬一院士均有參與規畫科技會報機制，應經過慎重考慮。當時，還與時為國科會主委的李羅權意見相左，到底要科技政委(負責科技會報，即副召集人)兼任科技部長，還是科技部長兼科技會報副召集人，有很大的爭辯。無論如何，現在是這樣，未來可看運作表現再來檢討。
官員指出，其實有些院士的發言，並未了解實際狀況，科技會報召集人是行政院長，成功失敗由陳冲負責，當然他也必須要專注科技這一塊。他不可能坐視發生，科技部「很成功」，科技會報「很糟糕」這樣的事，或是眼看不對稱結果。兩者必須密切合作，方能成事。
正如去年行政院科技顧問會議後的共識，「未來科技會報籌組完成後，各部會若涉及科技預算運用時，先由科技會報完成預算分配，再由各部會享有絕對自主權。」「前一年結餘的預算，隔年也應享有保障權利。「科技預算和政策執行必須緊密連結等」。在在顯示，科技會報和其他科技部門要自主運作，也要彼此協調，